Фатали хан Хойский родился в городе Шеки в семье Искендер Хана Хойского, полковника Лейб-гвардии Казачьего полка.
После установления Советской власти (28 апреля 1920) переехал в Тифлис, где и был убит. Фатали-хан был убит армянскими террористами, членами партии «Дашнакцутюн» Арамом Ерканяном и Мисаком Григоряном на Эриванской площади в Тифлисе 19 июня 1920 года.
Убийство было осуществлено в рамках карательной акции «Немезис» партией «Дашнакцутюн».
Похоронен на мусульманском кладбище в Тифлисе рядом с могилой азербайджанского драматурга М. Ф. Ахундова.
