За время своего правления исламисты выпустили на свободу десятки экстремистов, многие из которых были приговорены трибуналами в эпоху Хосни Мубарака к длительным тюремным заключениям или смертной казни. Часть из них покинула АРЕ и осела в других станах, в том числа в Катаре и соседней Ливии, другие, по данным местных силовиков, окопались на севере Синая и принимают активное участие в вооруженном противостоянии временным властям и армии. Как отмечаются местные СМИ, «помилование многих из бывших заключенных крайне негативно отразилось на безопасности страны и ее граждан».
В середине мая генеральная прокуратура АРЕ обратилась с официальным запросом в Интерпол об аресте и экстрадиции порядка 200 активистов различных террористических организаций. В черные списки попали как ряд сторонников запрещенной в конце прошлого года и признанной террористической в стране исламистской ассоциации «Братья-мусульмане», так и боевики, связанные с «Аль-Каидой», палестинским движением ХАМАС и воюющими в Сирии против правительственных войск экстремистской группировкой «Исламское государство Ирака и Леванта» и «Сирийской свободной армией». В заявлении генпрокуратуры отмечается, что все они обвиняются «в проведении диверсий в Египте, поставивших под угрозу мир и безопасность» государства.
Ранее МВД страны неоднократно заявляло, что все освобожденные Мурси террористы будут возвращены за решетку и понесут заслуженное наказание.
