Название Агдам переводится с азербайджанского как «белая крыша». Появилось оно не случайно: карабахский хан Панахали в первой половине XVIII века построил для себя имарет из белого камня. Это здание долгое время служило ориентиром для жителей расположенных рядом населенных пунктов.
В 1828 году Агдам стал городом. Когда-то здесь работали крупные предприятия — маслозавод, консервный, а также винный завод, прославивший название населенного пункта на весь Советский Союз.
Судьбу города определила Карабахская война 1991−1994 годов. Агдам стал местом ожесточенных боев и был постепенно разрушен. В настоящее время Агдам по праву называют «городом-призраком».
Агдам был оккупирован 23 июля 1993 года. В ходе войны погибло 5823 жителя Агдама. До оккупации в Агдамском районе проживало до 160 тысяч человек. На территории в 1094 кв.км были расположены 1 город, 121 деревня. 44 деревни не находятся под оккупацией, это – Гарадаглы, Рзалар, Эвоглу, Махрызлы, Зангишалы, Ахмедагалы, Гузанлы, Эйвазлы, Чуллу, Имамгулубейли, Сарыджалы, Ефатли, Гаджимамедли, Гаджитуралы, Исалар, Гахраманбейли, Кюдюрлю, Мамедбагырлы, Учоглан, Агаларбейли, Алыбейли, Орта Гышлаг, Юсифли, Кириклу, Бейюк Бейли, Бахарлы, Баллар, Хындырыстан, Сарычобан, Бейбабалар, Келбехусейнли, Дадашлы, Пашабейли, Биринджи Юзбашлы, Икинджи Юзбашлы, Бахарлы (Итбахарлы), Чеменли, Сарыджалы, Шюкюрагалы и Чыраглы.
Под оккупацией остались 27 исторических, 40 архитектурных и 103 археологических памятника Агдама. Из этих памятников особое значение имеют храм Гутлу Муса (XIV век), Магбара (склеп) в деревне Кангарли (XIV век), крепость Шахбулаг, Дворец Панах хана, Городская мечеть (XIX век), мечеть Башыкесик в деревне Паправенд и склепы во многих других деревнях.
