В связи с произошедшим в Военной прокуратуре республики было возбуждено уголовное дело по статьям 120.2.5 (Умышленное убийство, совершенное из корыстных побуждений или по найму, а равно в целях использования органов или тканей потерпевшего) и 228 (Незаконные приобретение, передача, сбыт, хранение, перевозка или ношение огнестрельного оружия, комплектующих деталей к нему, боеприпасов, взрывчатых веществ и взрывных устройств) УК Азербайджанской Республики.
Несмотря на то, что со дня убийства генерала прошло уже пять лет, в расследовании уголовного дела пока не было достигнуто положительных результатов.
Через некоторое время после происшествия генпрокурор Закир Гаралов заявил журналистам, что сразу после убийства Раиля Рзаева было совершено незаконное проникновение в его кабинет и похищены некоторые предметы. З.Гаралов подчеркнул, что несколько человек во главе с помощником генерала Айдыном Рафиевым принимали участие в сокрытии этих противоправных действий, и поэтому они были арестованы. Генпрокурор отметил, что также расследуется непосредственное участие задержанных лиц в убийстве генерала.
В ноябре 2010 года по решению Военного суда по тяжким преступлениям, Айдын Рафиев был приговорен к 9, его сын Анар Рафиев — к 7 годам и 6 месяцам, адъютант генерала Анар Хашимов к 7 годам лишения свободы.
